Chaque pays est vraisemblablement dirigé par un seigneur, le daimyo (ils sont pratiquement absents du manga), et possède un village caché, avec à sa tête un leader. C'est dans le village caché que se concentre la grande majorité des forces ninjas du pays. Autrement dit, c'est le village caché qui en fait toute sa puissance ("La puissance d'un pays se mesure à celle de son village, la puissance d'un village à celle de ses ninjas", Sandaime Hokage, Examen Chuunin).
Les leaders des cinq grandes puissances Ninjas portent le titre de Kage ("ombre"). Ils sont plus influents que les daimyos, car ce sont eux qui dirigent la politique militaire du pays. Les daimyos, quant à eux, semblent diriger l'économie de leur pays. C'est d'ailleurs la mauvaise gestion de Kaze no kuni par son daimyo qui amena Yondaime Kazekage à s'allier à Otogakure pour attaquer Konohagakure, dans le but de redresser l'économie de son pays.